Theo đó, trước khi có bão lũ, các đơn vị đẩy mạnh công tác tuyên truyền, hướng dẫn người dân thực hiện các biện pháp chuẩn bị, sẵn sàng ứng phó với tình trạng mưa lớn, bão, lũ lụt, chuẩn bị các bể chứa, các vật dụng chứa nước sạch, phương tiện, dụng cụ xử lý môi trường, xử lý nước, đảm bảo vệ sinh cá nhân, chủ động dự trữ lương thực, thực phẩm chế biến sẵn, nước uống đóng chai. Rà soát, bố trí nhân lực thành lực thành lập các đội cơ động phòng, chống dịch và phòng, chống thiên tai, thảm họa, đảm bảo dự trữ và cung cấp đủ thuốc, hóa chất, phương tiện, trang thiết bị xử lý nước, xử lý môi trường như phèn chua, Cloramin B, vôi bột, máy phun, túi đựng rác thải y tế… Xây dựng các phương án chuẩn bị và xử lý nước, vệ sinh môi trường và quản lý chất thải y tế theo quy định trước, trong và sau bão lụt, sẵn sàng ứng phó với tình trạng mưa lớn, bão lũ, hỗ trợ cho các vùng bị bão lũ và thảm họa ngay khi có yêu cầu. Kiện toàn đội phòng, chống ngộ độc thực phẩm; chuẩn bị sẵn sàng nhân lực, phương tiện, vật tư, hóa chất để kịp thời điều tra, khắc phục, giảm thiểu ảnh hưởng khi có ngộ độc thực phẩm, bệnh truyền qua thực phẩm xảy ra. 

Khi xảy ra bão lũ: Tăng cường công tác kiểm tra các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm, đảm bảo không sử dụng gia súc, gia cầm, thủy sản chết bệnh, chết không rõ nguyên nhân để chế biến thực phẩm, xử lý nghiêm những hành vi lợi dụng tình trạng khan hiếm thực phẩm để đưa ra thị trường các loại thực phẩm không đảm bảo an toàn. Cử nhân viên y tế xuống vùng lũ lụt để hướng dẫn công tác vệ sinh và phòng, chống dịch bệnh. Duy trì lực lượng y tế tăng cường thường trực tại các địa phương bị ảnh hưởng nặng do lũ cho đến khi tình hình ổn định.  Các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh bố trí đầy đủ nhân lực, chuẩn bị đầy đủ thuốc, hóa chất và trang thiết bị sẵn sàng đáp ứng công tác cấp cứu, điều trị khi xảy ra ngộ độc thực phẩm hàng loạt, dịch bệnh bùng phát trên địa bàn.

Sau bão lũ: Hỗ trợ, hướng dẫn các cơ sở y tế và người dân thực hiện các biện pháp xử lý môi trường; thu gom, xử lý xác súc vật chết; xử lý các bể nước bị ngập lụt theo nguyên tắc nước rút đến đâu, vệ sinh đến đó; thực hiện khử trùng bể chứa, khử trùng nguồn nước ăn uống, nước sinh hoạt sau khi tổng vệ sinh. Tổ chức phun hóa chất diệt côn trùng và véc tơ gây bệnh tại các khu vực bị ngập sau khi nước rút. Hướng dẫn người dân chủ động vệ sinh môi trường diệt véc tơ truyền bệnh, phòng chống các bệnh thường gặp sau lũ lụt như: tiêu chảy, sốt xuất huyết, đau mắt đỏ, tả, lỵ, thương hàn… Tăng cường kiểm tra, giám sát vệ sinh chất lượng nguồn nước dùng cho ăn uống, sinh hoạt từ các nhà máy nước, trạm cấp nước tập trung và chất lượng nước hộ gia đình.Tiếp tục tăng cường kiểm tra các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm để đảm bảo không xảy ra tình trạng thực phẩm không đảm bảo chất lượng lưu thông trên thị trường. Chủ động xử lý triệt để khi có ngộ độc thực phẩm, xử lý ổ dịch phát sinh sau bão lụt, không để dịch bệnh lan rộng.