Quy hoạch chung không gian xây dựng ngầm đô thị trung tâm thành phố Hà Nội thuộc địa giới 20 quận, huyện, được phân 3 vùng theo chiều ngang gồm: Khu vực nội đô có khu vực nội đô lịch sử, từ Vành đai 2 vào trung tâm sẽ đẩy mạnh phát triển không gian ngầm do cơ bản đã khai thác hết không gian trên mặt đất, mật độ đô thị cao.

Còn tại khu vực nội đô mở rộng, từ Vành đai 2 đến Vành đai xanh sông Nhuệ sẽ tăng cường liên kết các không gian ngầm cục bộ tại các công trình đã và đang hình thành, tạo thành hệ thống liên hoàn. Tại khu vực phát triển mới, từ khu đô thị Đông Vành đai 4 và Khu vực phát triển mới phía bắc sông Hồng sẽ dự phòng quỹ đất cho phát triển đồng bộ giữa không gian ngầm và không gian nổi đồng bộ, hiện đại. Việc phân vùng theo chiều đứng sẽ gồm 3 lớp, trong đó lớp nông từ 0-5 m, lớp trung bình từ 5-15 m và lớp sâu từ 15-30 m trở xuống.

Một trong những nội dung quan trọng của đồ án Quy hoạch chung không gian xây dựng ngầm đô thị trung tâm thành phố Hà Nội là thành phố định hướng giao thông ngầm chủ yếu là hệ thống các tuyến đường sắt đô thị xây dựng ngầm, gồm 6 tuyến, với tổng chiều dài khoảng 86,5 km, sâu trung bình khoảng 20 m, 81 ga ngầm. Thành phố cũng quy hoạch 78 bãi đỗ xe công cộng ngầm với tổng diện tích sàn hơn 104 ha, chủ yếu bố trí tại khu vực 4 quận nội thành cũ, công trình xây dựng từ 3 đến 4 tầng hầm. 

Về không gian công cộng ngầm được xác định là các đầu mối giao thông công cộng lớn, với 39 khu vực phát triển không gian công cộng ngầm tại khu vực nội đô (lịch sử và mở rộng) với tổng diện tích khoảng 954 ha. Định hướng bố trí các chức năng: Dịch vụ, thương mại, vui chơi giải trí, ga ra ngầm gắn kết với các tuyến đường sắt đô thị, nhà ga  trên tuyến.

Đối với quy hoạch Quy hoạch bến xe, bãi đỗ xe, trung tâm tiếp vận và trạm dừng nghỉ, các bến xe khách, xe tải liên tỉnh được bố trí trên các trục hướng tâm tại cửa ngõ giao với Vành đai 4, theo các hướng đông, tây, nam, bắc. Các bến xe khách liên tỉnh xây dựng mới được kết hợp với các điểm đầu cuối của hệ thống xe buýt công cộng và gần các nhà ga của các tuyến đường sắt đô thị nhằm kết nối, vận chuyển hành khách vào khu vực nội đô và ngược lại. Từng bước thay thế các bến xe khách hiện có nằm sâu trong nội đô. Các bãi đỗ xe công cộng tập trung bố trí tại các khu dân cư, khu chức năng xây dựng tập trung mật độ cao, đảm bảo cự ly đi lại từ 300 m đến 600 m, thuận lợi kết nối giao thông.